El-Sisi menjadi tentera pada 1977 di infantri mekanik iaitu berperanan sebagai anti-tank dan perang mortar. Dia menjadi Komandan Northern Daerah Militer-Alexandria (2008( dan kemudian Pengarah Perisikan Tentera .El-Sisi adalah anggota termuda dalam Dewan Tertinggi Angkatan Bersenjata Mesir .

Pada 12 Ogos 2012, Presiden Mesir Mohamed Morsi menggantikan Mohamed Hussein Tantawi , Panglima Angkatan Bersenjata Mesir , dengan El-Sisi. El-Sisi juga mengambil pos dari Menteri Pertahanan dan Produksi Militer di Qandil Kabinet .

El-Sisi diangkat sebagai menteri pertahanan pada 12 Ogos 2012 dengan 'rumor' bahwa Jenderal El-Sisi adalah penyokong Ikhwanul Muslimin . Pada 28 April 2013, saat perayaan Hari Pembebasan Sinai , El-Sisi mengatakan bahwa, "tangan yang merugikan Mesir harus dipotong".